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187日目 GENETYXによるPCRプライマーデザイン

GENETYXの使い方についてメモ.私が使っているのは ver. 8 なので,それ以前・それ以降については不明だけど.
PCRのプライマーをデザインするとき,そのプライマーの 3' end がマッチしてしまう配列がテンプレートDNAに二か所以上存在してしまうのはよくない.でも普通の homology search ではそういった点は見逃しがちだ.で,その可能性をチェックする方法:
プライマー候補シークエンスをsequenceファイルにしておく.で,3' end の10bpくらいを選択 → nucleotide → Homoam → Minimum percentage を 80 くらいに,Slide width... を 1 に.ほんで実行すべし.
注意点は二つ.スライド幅は絶対に1にしておくこと(2以上だと飛ばし飛ばし検索することになるからね),そしてcomplementary search は同時にできないので別々に実行すること.
あと 3' end を選択せず全体から minimum を 70 くらいにして検索するのもアリだ.
by LIBlog | 2009-11-10 16:25 | さいえんす関連
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