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AltAnalyzeというソフト

Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 107, 10514-10519 (2010)

エキソンアレイを用いて,未分化な状態である ES細胞と,ビミョーに分化した状態である胚様体 (embryoid body) とで RNA のアイソフォームの状態を比較し,そのうち面白そうないくつかの遺伝子について機能解析している論文. オープンアクセスなので全文に直リンク.

内容はともかく,彼らがアレイデータの解析に使っている AltAnalyzeというフリーのソフト (→http://www.altanalyze.org/) をちょっと記憶にとどめておこうと思いメモ. そもそもこのソフトはマイクロアレイデータの統計的な解析だとか Gene Ontology なんかとデータを結びつけたりするようなことができるらしいのだが,エキソンアレイデータをぶち込むと,アイソフォームごとのアミノ酸配列やドメイン構成の違いだとか,miRNA のターゲット配列の有無がどのように変化するのか,なんかが一望できるような形で出力してくれるようだ. ……つーかまだ試してないので,どういう形で出力されるのか分かってないけど,機会があったらいじってみたいな.

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by LIBlog | 2010-07-28 19:06 | さいえんす関連

腸はどのように腹の中におさまっているのか?

Dev. Cell 18, 973-984 (2010)

ゼブラフィッシュで,転写因子Hand2が細胞外基質のリモデリングを介して腸管のルーピングを調節していることを示した論文.

脊椎動物の消化管は,種によって違うけれど,ふつうは身長の何倍も長い. どうやってこれだけ長いものを絡まりもせずにきちんと折りたたんで腹の中に入れているのだろうか.

一般的に,消化管の折りたたみ (gut looping) は左右非対称性の確立という文脈で説明されることが多い. 左右非対称性とは,たとえば心臓が左に寄っていて,肝臓は右に寄っていて……などといった,左右での器官配置の違いである. 左右非対称性の確立に重要な遺伝子や,その遺伝子同士の関係などはいくつか明らかにされており,そういった遺伝子に生まれつき異常があると内臓逆位になったりする. つまり内臓の左右がひっくり返るアレである.

ところで,その左右非対称性の確立に重要な遺伝子ってのは,いったいどういう現象を経て左右非対称な臓器の配置を決めているのだろうか. 本論文によると,消化管の発生では bHLH型の転写因子 Hand2 を介した細胞外基質の左右非対称な再構築が起こっており,それが腸管の折りたたみに重要であるという. データ全体をまとめると hand2-EGFP トランスジェニックフィッシュをつくって bmp -> hand2↑ -> MMP↑ -> laminin↓ -> asymmetric LPM migration -> gut looping という流れを示している (LPM, lateral plate mesoderm; MMP, matrix metalloproteinase).

これ,個体でも一細胞レベルの解像度でイメージングしているのがすばらしい. イメージングの力がこの論文のエッセンスだろうな. もうひとつのエッセンスは遺伝子発現の左右非対称性から臓器の左右非対称性を橋渡しする手掛かりを与えたこと.

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by LIBlog | 2010-07-27 19:52 | さいえんす関連

ぷよm@sの変化と,それに同調するということ

ぷよm@s part20を見てから一日経った.

【ミスミス】ぷよm@s part20【ミスター】‐ニコニコ動画(9)

【ミスミス】ぷよm@s part20【ミスター】

とにかくpart20を見た直後は,いろいろな思いが渦巻いて,全然まとまらなかった.で,時間を置いたことで少しばかり落ちついた気もするので,感想を書きたい.

ネタバレを気にせずいくので,格納.

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by LIBlog | 2010-07-22 22:32 | 動画サイト関連

ぷよm@s part20

ぷよm@s part20 が投稿されています!

【ミスミス】ぷよm@s part20【ミスター】‐ニコニコ動画(9)

【ミスミス】ぷよm@s part20【ミスター】

いや,今回は驚きました. すごいです. なにがすごいって,「クイック」の正体もさることながら,やっぱり律子さんでしょう. 律子さんの「物語」,正直言ってこのように展開するとは予想していませんでした. もっと表層でしか彼女のことを見ていませんでした. いやもう,面白すぎです. さすがです. まだか!まだ私はぷよm@sへの期待を上方修正する必要があるというのか!まだぷよm@sを過小評価していたというのか!

いろいろと想起することはありますが,ちょっとまとまらないので一晩寝かせます. いまはただ一言,凄かった! 面白かった! とだけ,つぶやいておきます.


って,MOTさんはえー!w
【ぷよm@s便乗】ある日のクイック挑戦対戦風景‐ニコニコ動画(9) (part20視聴後にご覧ください)

ふむ,たしかに「クイック」の効果,目に見えて分かりますね.

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by LIBlog | 2010-07-21 23:56 | 動画サイト関連

英語初級者向け TED talks その2

TEDカンファレンス は,さまざまな分野で活躍する一流の人物が一堂に会して,互いの仕事や伝えたいメッセージについてプレゼンする,非常に魅力的なカンファレンスだ. そこで行われる講演は TED.com にて無料で視聴することができる.

以前,英語初級者向けTED talksと題して,癖のないアメリカ英語で,ゆっくり明瞭に話している講演をいくつか紹介した.

しかしそれ以降も TED.com の充実はとどまるところを知らず,いまやオンラインで視聴できる講演は700以上あるし,日本語字幕がついているものも300を超えた. そこで,新しく加わった日本語字幕つきの動画の中から,やはり (私のような) 英語初学者向けの講演を挙げてみたい. いずれも前回と同じように内容は問わず,
●発音が明瞭で,
●ゆっくり話しており,
●癖のないアメリカ英語である

と私が感じたもので,20分前後の講演を三つほど.

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ひとつめ.

マイケル・サンデル:失われた民主的議論の技術 (Michael Sandel: The lost art of democratic debate)

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政治哲学者マイケル・サンデルによる講演. 日本でもNHKのハーバード白熱教室シリーズで最近注目を集めていた人だ.

同シリーズの英語版(すなわちオリジナル版)はすべてYouTubeで視聴可能 (→ Justice with Michael Sandel - Home) で,しかもYouTubeの動画は英語字幕付きで見られるから,彼の主張をもっとよく知りたくて時間に余裕がある人は,そちらを見たほうがいいかもしれない. いっぽうTEDの講演はというと,日本語字幕を同期して見られるところと,20分弱で完結しているところがいい. YouTubeのものと同じように,英語はゆっくりで明瞭だ.

TEDでの講演で扱われているのは,ハーバードでのレクチャーシリーズのような「正義とは何か」ということ自体ではなく,もう少し上位の概念について. しかしここでもハーバードと同じように,きわめて具体的な事例が取り上げられ,それについての対話が行われる.

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「いい答えだ. きみの名前は? ピーター. ああ,マイクはそのままで. 誰かピーターの答えに反論がある者は?」

サンデル教授に導かれて,楽器をどうやって配るか?といった小さな例から,同性婚の是非という大きなテーマまで,このわずかな時間でさまざまな意見が交わされる. 個別バラバラだと思われたそれらの例は,講演の最後にはひとつにつながり,彼の主張を明快に伝えることになる.さすがに話の作り方が非常にたくみだ. みごとと言うほかない.

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ふたつめ.

ジル・ターターのSETI(地球外知的生命体探査)への参加の呼びかけ (Jill Tarter's call to join the SETI search)

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天文学者による,SETI (Search for Extraterrestrial Intelligence at Home),地球外知的生命体探索についての紹介.非常にゆっくりはっきり話しているので分かりやすい.

じつはこのプレゼンテーション,とくにすぐれた講演に対して与えられる TED Prize を受賞している. それもよく分かる話で,これは数ある講演のなかでも特につよく印象に残っている. 何万光年もはるかかなたの場所だとか気が遠くなるほど離れた時間についての話を聞いていると,どうにも不思議な感覚に陥ってくるのだ. 人類ってなに? 歴史ってなんだったの? どうでもよくね? みたいな. そんなふうに一度おもいっきり日常生活のパースペクティブとはまるっきり違うところに自分を置いてみるのも悪くないのではなかろうか.

ところで,もしほんとうに地球外知的生命体などというものが見つかったら,いったいどうなるのだろうか. 実際のところ何が起こるか想像もつかない. 演者は地球外知的生命体の発見が,すべての人類の抱える問題を解決するきっかけになる,などというポジティブな捉え方をしているんだけどね. たしかにそれもありうるけれど,逆もありうるわけであって…….

なお演者はちょっとばかり目ぢからがあるのでアップになると気になるが(笑),伝えられているメッセージがそれに負けないくらい力強いので,まあバランスはとれている.

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みっつめ.

ハワード ラインゴールド: コラボレーション (Howard Rheingold on collaboration)

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ライター兼雑誌編集者による講演. これまた非常にゆっくりはっきり話しているので分かりやすいとは思う. しかし独特の口調と言うか口癖というか,そこらへんがなじまない人もいるかもしれない.

内容はというと,人々のつながり,社会の構造というものが,マンモスと戦っていた古代にはじまりネットで結ばれた現代にいたるまで,どのように移り変わり,そしてこれからどうなっていくかということについて考察している講演だ. ゲーム理論の囚人のジレンマ共有地の悲劇などを引き合いに出しつつ,インターネットにより莫大の数の人々が直接つながった世界での,望ましい社会のありかたについて述べている.

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ネットの浸透とともに,すべてをフリーで共有しようとする消費者と,そうはさせまいとする供給者の対立がそこかしこに見られるようになってきたように思う. しかし本当に両者の対立は避けられないのだろうか. どちら側の利益にもなるような関係は,構造はありえないのだろうか.

ポイントは相互の信頼関係にある. 互いに相手を信頼できない状況では,囚人のジレンマが発生し,どちらも最適な行動をとることができない. しかし互いに相手を信頼できる状況では,互いに利益を最大化するような行動をとれる. そのような状況を,関係を築くにはどうしたらいいのだろうか.

講演で取り上げられている具体例も豊富だ. マイケル・サンデルの講演で挙げられていた,どのように議論をたたかわせ,ルールを決めるべきか? という問題がふたたびここで問われる. またジル・ターターのSETIプロジェクトは,囚人のジレンマに陥らずゲームがうまく運んだ例として挙げられる. いわばこれまでの講演のおさらいのようにして見ることができるプレゼンテーションになっている. いくつか動画をめぐってみて,最後にこれを見るのも一興かもしれない.

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TED talks は,各国語字幕がついている,一つのトークが5~20分ほどと短い,なにより内容がどれもこれもめちゃくちゃ面白い,と,英語学習にぴったりの教材だ. また都合がいいことに,おおっぴらに動画ファイルや音声ファイルをダウンロードできる (動画プレイヤーの下にDOWNLOADボタンがついている) ので,私は iPod に入れて聴くことにしている. 音声ファイルはところどころ編集されていることがあって,それだけは不満に思っているのだけれど,まあぜいたくは言えないわな.

私にはいまのところ難しいが,いつか字幕なしで初見の講演を理解できるようになりたいものだ. 同じように英語を学んでいらっしゃる初学者のみなさま,がんばりましょうね. 字幕なしで見る TED talks は,たぶんもっとダイレクトで面白いでしょうから.

関連記事:

英語初級者向け TED talks

TEDで宇宙に思いを馳せる

TEDで海中散歩

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by LIBlog | 2010-07-19 23:11 | 動画サイト関連

心眼を開くメカニズム

Nature 466, 373-377 (2010)

「盲視」という現象を担う脳の領域は外側膝状体であることを示した論文. 脳科学はぜんぜん分からないのでデータを読むことはできないのだが,以前から盲視ってやつはすごく面白いと思っていたので斜め読み. 日本語の要旨はフリーで読める: 脳�盲視は外側膝状核によって起こる : Abstract : Nature

盲視(blindsight)というのは,目や視神経は無事なのだが大脳皮質の一次視覚野 (→視覚野 - Wikipedia) の損傷により視覚経験に障害をもつ人が,見えていないにもかかわらず見えているような反応を示すこと,と考えればいいかな (→盲視 - Wikipedia). たとえばモニター上の光点の位置を尋ねる (本人に光点は見えていないので,あてずっぽうで答えてもらう) と正解するとか (→ ASCONE2007講義 「盲視が明らかにする"気づき"の脳内情報処理」),向かってきたボールを避けたりとか (→ブラインドサイト(盲視または盲人の視覚)),そういったもの. つまり視覚刺激の脳への入力は複数の場所に行っていて,一次視覚野を経由しないと意識にはのぼらないのだが,無意識の反応の中には一次視覚野を介していないものがあると考えればいいのかな. 盲視も無意識の反応のひとつなのだが,これがどういう経路でどこに入力した視覚刺激によって起こっているのかが分かっていなかったわけだね. で,この論文ではそれを明らかにしたと.

行った実験は盲視と同じ状態を示すマカクザルを使った fMRI (→ fMRI - Wikipedia) と,脳の領域特異的な機能阻害実験. それにより視床の外側膝状体 (→外側膝状体 - Wikipedia) とかいう領域が重要であることが分かったと. ふーん. Wikipediaによると,その外側膝状体とかいう領域は,視覚的注意をある空間に向けるのに重要だという話だから,盲視に見られるような現象もそれで説明できるのかもね.

なんとなくこれを読んでいて,以前どこかで見たイチローの話を思い出した. イチローに限らずスポーツをやってる人から「体が勝手に反応する」という話をよく聞くけど,イチローはとにかく来た球を反応で打って,一塁上でその場面を頭の中で巻き戻しつつ反芻して反省点を探す,とか言っていた (糸井重里との対談だったかも:「イチローに糸井重里が聞く」). ってことはたぶん,バッターボックスの中では視床を経由するような無意識の反応で打って,あとから思い起こす時に大脳の視覚情報を使うのかもなあ. とか素人考えで思ったりして.

「盲視」の話を初めて知ったのは,ラマチャンドランの「脳のなかの幽霊」を読んだ時だったなあ.


この本はもう本当に,めちゃくちゃ面白かった. もうちょっと若いころに読んでいたら,脳研究を志していたかもしれない. ……でも脳の研究者には信じられないほど頭がいい人が多いような気がするので,志さなくて正解だった……かな?

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by LIBlog | 2010-07-15 19:59 | さいえんす関連

膜タンパクと分泌タンパク遺伝子のノックアウトマウス・ライブラリー

Nat. Biotechnol. 28, 749-755 (2010)

Resource. マウスで分泌タンパクまたは膜タンパクをコードする遺伝子をゲノムワイドに包括的にノックアウトし,表現型も含めてデータベース化したという話. すっげーな.

ていうか著者らの所属に Lexicon Pharmaceuticals とか Genentech とか企業名が並んでいる. ……なるほどねー,そういうことか.

いまやマウスの遺伝学の進展たるやすごいものがあり,KOMP をはじめとするノックアウトマウスを網羅的につくってしまおうとしているプロジェクトや,トランスポゾンとかウイルスとかで突然変異を導入してミュータジェネシス (→ Insertional mutagenesis - Wikipedia, the free encyclopedia) をやっているプロジェクトが だいぶ前から動いている. おそらくそういう現状を踏まえて,本論文の著者らは,とにかく病気の原因遺伝子だとか創薬のターゲットになりそうな遺伝子だとか,そういうものをとりあえず報告しちゃって特許を押さえようとしたんじゃないかなー,などと本論文の背景を想像してみたりして.

ともあれ筆者らは472個の遺伝子についてノックアウトマウスをつくり,表現型ふくめてデータベース化して公開している (→ こちら). 選んだ 472個 (正確には,選んだのはもっと多くて,ノックアウトマウス作出まで行けたのが472個ってことだが) ってのは,まず 分泌タンパク または 膜タンパク をコードしている遺伝子で,かつ 組織特異的な発現 または 腫瘍で高発現 している遺伝子. いかにも将来おカネになりそうな気配がする遺伝子たちだ.

うん,とはいえ,結果が公開され,望む研究者にはプロダクトが提供されるのであれば,こういうプロジェクトは歓迎すべきことだよな. ゲノムシークエンスと同じく. ただこれ,非公開非提供だったらちょっとなあ. どうなんだろう.

彼らには次に しらみつぶしに全遺伝子ノックアウトとか redundancy のある遺伝子をぜんぶノックアウトとかやってほしいが,そういうのはやらないんだろうな. やっぱりノックアウトで致死の遺伝子のコンディショナルノックアウトとかのほうが面白そうだし.

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by LIBlog | 2010-07-12 20:46 | さいえんす関連

有尾両生類の再生能力について考える その5……にはならなかった

有尾両生類の再生について,これまで以下のような記事を書いてきた.

有尾両生類の再生能力について考える その1

有尾両生類の再生能力について考える その2

有尾両生類の再生能力について考える その3

有尾両生類の再生能力について考える その4

んで,その4を中途半端な形で終えた以上,その5があるべきなのだけど,もっか続きを書くモチベーションが絶賛低下中だ.

というのは,四肢じゃなくて内部器官 (internal organs) の再生の方に興味が移りつつあるからなんだけど.

いちおう放り出すのもアレなので,ごく簡単に前回の続きをまとめて書くことにする.

前回の疑問は,どの部分を再生したらいいか あらかじめ決まっているわけではないのに,どうして元通りの形に再生できるのか? というものだった. たとえば肢を,肩から切り落としても,ひじから切り落としても,手首から切り落としても,ちゃんと失われた部分だけが再生する. それはどういう機構によるのか.

ものすごくおおざっぱにまとめると,それは再生芽がもともとの位置を記憶しているからだ,というのが答えになると思われる. 再生芽が,というよりもともとの四肢が三軸,遠近軸・前後軸・背腹軸に沿った位置情報を保持しているために,切り落とされた場所にできた再生芽が,自分がどこから先をつくるべきなのか分かるというわけだ.

どのような形で位置情報が保持されているのか. それは軸によって違うようだ. たとえば遠近軸は ある物質の濃度勾配が成体になっても維持されていて,それが位置情報として読み取られるらしい. また前後軸はエピジェネティックな情報,すなわちクロマチンの修飾状態が異なっており,それが位置情報として読み取られるっぽい.

たとえば哺乳類で脱分化した再生芽をつくることができたとして,それがきちんと元通りの形を再現するためには,発生時に使った機構をきちんと再起動するためのしくみが必要だ. 位置情報の保持についても有尾両生類のやりかたを真似するのか,あるいはべつの機構で胎児のころの仕組みを呼び覚ますのか,むずかしい選択になるのかもしれない.

……といったところで四肢再生の話はモチベーションがふたたび上がるまで無期限中断. 以下,すこしだけ内部器官の再生について話をしたい.

四肢とか目(レンズ)とかの外部器官は,もし失われたとしたら QOL を著しく低下させるが,失血や感染などの影響が大きくなければ命に別状はないことが多い. しかし多くの内部器官はそうではなく,もしひとつの臓器が完全に,あるいは一部でも,失われたとしたら命に関わる事態になることが多い. そういう意味で,内部器官の再生は重要な課題のような気がする.

哺乳類をはじめとする陸生脊椎動物の多くは,肝臓など例外はあるものの,外部器官についても内部器官についても再生する能力が限られている. しかし両生類や魚類などは,外部器官のみならず内部器官についても再生能力が高いことが多い.

たとえば哺乳類では,心筋梗塞などにより心臓の筋肉(心筋)がいったん死んでしまうと再生することができない. 脳梗塞などで脳に損傷を受けた時も同様だ. ところが両生類や魚類では心臓を再生する種が知られている (→ LIBrary : 論文メモ) し,一部両生類では成体の脳すら再生可能だ (→ Dev. Growth Differ. 49, 121-129 (2007)). もちろん損傷時に即死しなければ,の話ではあるけれど.

哺乳類と両生類・魚類の内部器官の再生能力の違いは,何の違いに起因するのだろうか. もし彼らのやり方を学べて,それを哺乳類に適用できるとしたら,それは素敵なことではなかろうか.

……てなことに関心が移りつつあるわけです.

ま,べつに専門家ってわけでもなし,ぼちぼち勝手気ままに文献を見たり,考えたりしていきたいな,というだけの話ではあるんだけど.

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by LIBlog | 2010-07-10 19:40 | さいえんす関連

アイマスクエストをリアルタイムで見る喜び

アイマスクエストIV,ついに連載が再開ですね!

アイマスクエストⅣ マーニャ編01「不器用な姉」‐ニコニコ動画(9)

アイマスクエストⅣ マーニャ編01「不器用な姉」

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アイマスクエストって何? という方は,こちらの紹介記事がおすすめです.
ニコニコは一般人を芸人にする - 敷居の先住民
アイマスクエストをまだ知らない人のためにその魅力を全力で書き綴ってみた - 未来私考

本編はこちら.
マイリスト アイマスクエストⅣ 閣下列伝シリーズ‐ニコニコ動画(9)

ニコニコ動画の視聴には登録が必要です(こちらから.無料です).

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じつは私は,アイマスクエストの連載をリアルタイムで追いかけるのは今回がはじめてなんだよね.

私がアイマスクエストシリーズを見たのは比較的最近で,連載が中断していた時だった. そのときは一章途中で物語にぐいっと引き込まれて,そのまま全編ほぼ一気に見たんだけど,どんどん先を見ることができる嬉しさとともに,これをリアルタイムでコメントの皆様といっしょに体験できないもどかしさもあった. まあニコニコのコメントは過去にもさかのぼれるけれど,ブログ記事とかで悲喜こもごもを分かち合うことはどうしても難しくなるわけであって.

アイマスクエストっていう作品は,一気見もいいけど,本当はやっぱり連載をリアルタイムで楽しみたい. そういう楽しみ方ができるような作りになっていると思うからね.

それはつまり,ておくれPが「連載」ってことをきちんと意識して作っている,ってことだと思う. なにしろ,これだけ長い物語を少しずつ少しずつ小出しにしていっているにも関わらず,毎回毎回きちんと緩急があるのだ. 物語全体にも緩急はあるけど,一回一回の中にも必ずある. 息をのむところと,一息つくところが. それはたとえば,盛り上がるところや落ち着くところだったり,笑えるところやハラハラするところだったり. 休み明けでブランクがあったはずの今作でも,そのうまさには変わりがない.

これだけ一作の中に緩急があると,そのたびの満足感がとても大きくて,投稿の間が空いたって平気なんだよね. むしろその間の時間を楽しめる. おなかいっぱいになって,満足感に浸る時間を.

今回,投稿されたその日のうちに見ることができて,コメントといっしょに作品を楽しんだ. これから感想とか反応とかを少しばかり探してみたい. そして2週間ほどの間に,ちょっと過去作を見て,もういちど反芻して……. そんなリアルタイムの楽しみ方が,これからはできるのだ. いやはや,ぜいたくなことだなあ.

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by LIBlog | 2010-07-06 22:28 | 動画サイト関連

「ハンバーガー トーク」がすばらしい

おしるPの「ハンバーガー トーク」がよかった. そりゃもう実によかった.

【ぐるm@s】ハンバーガー トーク【りつまこ】‐ニコニコ動画(9)

>【ぐるm@s】ハンバーガー トーク【りつまこ】

ぐるm@s!参加作. マクd……じゃなかった,某ファーストフード店で律子と真が語らうという,ほぼそれだけの物語. ぐるm@s!のテーマである食べ物も,これまたハンバーガーというなんてことないものだ.

いやしかし,これがいいんだ実に. 舞台がなんてことないものだからこそ,この時間が二人にとっていかに特別なものかが分かるからね.

以下,勝手気ままに感想. ネタバレのため格納.

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by LIBlog | 2010-07-04 22:24 | 動画サイト関連