人気ブログランキング | 話題のタグを見る

AltAnalyzeというソフト

Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 107, 10514-10519 (2010)

エキソンアレイを用いて,未分化な状態である ES細胞と,ビミョーに分化した状態である胚様体 (embryoid body) とで RNA のアイソフォームの状態を比較し,そのうち面白そうないくつかの遺伝子について機能解析している論文. オープンアクセスなので全文に直リンク.

内容はともかく,彼らがアレイデータの解析に使っている AltAnalyzeというフリーのソフト (→http://www.altanalyze.org/) をちょっと記憶にとどめておこうと思いメモ. そもそもこのソフトはマイクロアレイデータの統計的な解析だとか Gene Ontology なんかとデータを結びつけたりするようなことができるらしいのだが,エキソンアレイデータをぶち込むと,アイソフォームごとのアミノ酸配列やドメイン構成の違いだとか,miRNA のターゲット配列の有無がどのように変化するのか,なんかが一望できるような形で出力してくれるようだ. ……つーかまだ試してないので,どういう形で出力されるのか分かってないけど,機会があったらいじってみたいな.

by LIBlog | 2010-07-28 19:06 | さいえんす関連
<< 語りかたと,語るものと. 腸はどのように腹の中におさまっ... >>